Kontejnerové čerpací stanice fungují primárně po silnici, železnici a po moři. Silniční doprava je flexibilní a pohodlná, vhodná na krátké vzdálenosti a přes složitý terén a vyžaduje, aby bylo celé zařízení dopraveno na místo určení prostřednictvím specializovaných přívěsů. Železniční doprava je vhodná pro dálkovou, meziregionální přepravu, kde je pro zajištění bezpečného provozu zařízení nutné zajistit na vyhrazeném valníku. Námořní doprava je primárně využívána pro mezinárodní nebo mezikontinentální přepravu, přičemž pro dálkové cesty jsou využívány standardní kontejnery. Bez ohledu na způsob přepravy musí být zařízení vyztuženo, aby se zabránilo vibracím a kolizím během přepravy, a zároveň musí být zajištěno dodržování příslušných přepravních předpisů a bezpečnostních požadavků.
